ಪಶುಪಾಲನಾ ಮತ್ತು ಪಶುವೈದ್ಯ ಸೇವಾ ಇಲಾಖೆಯ ಆಡಳಿತ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯು ಮೂರು ಹಂತಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ.
ಆಯುಕ್ತರು, ಪಶುಪಾಲನಾ ಮತ್ತು ಪಶುವೈದ್ಯ ಸೇವಾ ಇಲಾಖೆ ಇವರು ಇಲಾಖೆಯ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರಾಗಿರುತ್ತಾರೆ. ನಿರ್ದೇಶಕರು, ಪಶುಪಾಲನಾ ಮತ್ತು ಪಶುವೈದ್ಯ ಸೇವಾ ಇಲಾಖೆ ಇವರು ತಾಂತ್ರಿಕ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರಾಗಿದ್ದು, ಆಯುಕ್ತರ ಅಧೀನದಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಾರೆ.
ಉಪ ನಿರ್ದೇಶಕರು, ಪಶುಪಾಲನಾ ಮತ್ತು ಪಶುವೈದ್ಯ ಸೇವಾ ಇಲಾಖೆ ಇವರು ಜಿಲ್ಲಾ ಮಟ್ಟದ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರಾಗಿರುತ್ತಾರೆ. ಜಿಲ್ಲಾ ಉಪ ನಿರ್ದೇಶಕರು ಸಂಬಂಧಪಟ್ಟ ಜಿಲ್ಲಾ ಪಂಚಾಯಿತಿಗಳ ಅಧೀನದಲ್ಲಿ ಕಾರ್ಯ ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತಾರೆ.
ಸಹಾಯಕ ನಿರ್ದೇಶಕರು, ಪಶುಪಾಲನಾ ಮತ್ತು ಪಶುವೈದ್ಯ ಸೇವಾ ಇಲಾಖೆ ಇವರು ತಾಲ್ಲೂಕು ಮಟ್ಟದ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರಾಗಿರುತ್ತಾರೆ.